Предоставление стандартных налоговых вычетов, если работник индивидуальный предприниматель?

В ИП ему вычет никто не предоставляет, если льготу больше никто не предоставляет он имеет право на вычет.
Как рассчитать налоговые вычеты

Существует четыре вида налоговых вычетов по НДФЛ: стандартные, профессиональные, социальные и имущественные.

Стандартные вычеты перечислены в статье 218 Налогового кодекса. Физические лица, не относящиеся к льготным категориям, имеют право на вычет в размере 400 руб. ежемесячно вплоть до месяца, в котором их зарплата у данного работодателя, исчисленная нарастающим итогом с начала года, не превысила 40 000 руб. Кроме того, все граждане, имеющие детей, вправе получить вычет в размере 1 000 ежемесячно на каждого ребенка вплоть до месяца, в котором их зарплата у данного работодателя, исчисленная нарастающим итогом с начала года, не превысила 280 000 руб.

Стандартные вычеты распространяются только на доходы, полученные от одного из работодателей по выбору налогоплательщика. Другими словами, если человек трудится на двух или более работах, стандартные вычеты он может получить лишь на одной из них.

Профессиональные вычеты полагаются индивидуальным предпринимателям и тем, кто занимается частной практикой. Также право на данный вид вычетов имеют лица, выполняющие работы или услуги по договорам подряда, и те, кто получает авторское вознаграждение (ст. 221 НК РФ) .

Профессиональные вычеты по сумме равны документально подтвержденным расходам, связанным с соответствующей деятельностью. По сути, определение таких вычетов для ИП аналогично определению расходов при налогообложении прибыли организации. Если же документы, подтверждающие расходы, отсутствуют, вычеты предоставляются по нормативам (для предпринимателей это 20 процентов от полученных доходов) .

На социальные вычеты могут претендовать лица, потратившие деньги на обучение, лечение, благотворительность, негосударственное пенсионное страхование и дополнительные взносы на накопительную часть трудовой пенсии (ст. 219 НК РФ) .

Имущественные вычеты предоставляются тем, кто понес затраты в связи с продажей, покупкой или строительством недвижимости (ст. 220 НК РФ).

Что Вы называете трудовым договором? Что просто как наемный работник, трудовая книжка? Тогда ему, как любому работнику предоставляются стандартные вычеты. Если он при этом ИП и где-то там как-то ведет свою предпринимательскую деятельность, то это никак не влияет на вычет на данной работе.
А если у Вас с ним ГПД как с ИП, то тут конечно никаких вычетов.