Почему особи мужского и женского пола домашних животных и птиц называются по-разному ?

Наверное, потому, что домашних животных самим хозяевам приходится чаще различать по половому признаку, чем диких (хотя бы, как предмет торговли).
Курица - жена кура. "Кур" - общеславянское слово, означающее "петух"; по предположениям этимологов, это слово подражательное (так же, как и слова "кукарекать", "курлыкать"). "Кур женского пола" - "кура", уменьшительное от этого слова - "курица". Кстати, слово "куропатка", известное с конца XVII века, тоже образовалось от слова "кура": считается, что это сложное слово, состоящее из "кура" и "потка" ("птица"): "куропатка" - "птица, похожая на курицу". В слове "куропатка" ударение сначала падало на первый слог, этим можно объяснить изменение о на а во второй части слова.
Еще курицу раньше называли "цыпа" (это звукоподражательное слово - как "цып-цып-цып"). Детеныша "цыпы" называли "цыпля", в XIV-XVI веках к этому слову добавился суффикс -енок и получилось знакомое нам слово "цыпленок".
Первоначальное "кур" заменилось названием "петух", образованным от того же корня, что и слово "петь" ("петух" - "тот, кто поет").
"Корова" - общеславянское слово, у него много родственников в другиех индоевропейских языках, например, латинское cornu - рог. Слово "корова" можно истолковать как "рогатое". Идет стадо коров - "стадо рогатых"... Кстати, "идет стадо" - словосочетание, не имеющее смысла с точки зрения древнерусского языка, потому что словом "стадо" обозначали группу стоящих животных. "Стадо" и "стая" - оба этих слова образованы от глагола "стать" и первоначально означали одно и то же - примерно то же, что сейчас означает слово "стойло".
"Бык" - родственник "букашки". Оба этих слова основаны на звукоподражательном сочетании "бы", "бу", которыми древние индоевропейцы передавали гудение. На этом же сочетании было основано слово "бъчела", которое постепенно превратилось в "пчела". Родственны также слова "комар" и "шмель". Эти два слова выглядят совсем разными, но на самом деле у них один и тот же древний корень. Слово "шмель" раньше звучало как "чьмель". Различия между словами "комар" и "чьмель" связаны с чередованием звуков в корне слова: чередование к/ч (как в родственных словах "коса" и "чесать"), чередование о/е/ь в корне (как в словах мор - умереть - мьртвъ).