Почему с помощью микроскопа нельзя увидеть атом?

Можно, если микроскоп электрический.

Потому что они очень маленькие

длинна волны светового спектра слишком большая. Это для обычного светового микроскопа. В электронном там длинна волны меньше= можно и увидить.

еще как можно. Микроскоп же не обязательно оптический - бывают и электронные

Атомы нельзя увидеть никаким микроскопом - ни световым, ни электронным, т. к. длина волны, которую может разглядеть человеческий глаз меньше длины волны атома. Как-то так.