Меня зовут Эдик у сына в свидетельстве и паспорте написано отчество Эдуардович! проблемы какие нибудь будут с выездами

Различие в имени отца и отчестве ребенка - это нарушение. И его нужно исправить.
У вас может не возникнуть проблем при пересечении границы 100 раз, а на 101-й вас развернут. Пограничные офицеры - это всегда лотерея. Попадаются очень разные.
Поэтому не полагайтесь на авось, а исправьте документы - и будете дышать спокойно.