Как соединить два файла в Indesign?

Открываете оба файла. Переходите на тот документ, ИЗ КОТОРОГО необходимо ПЕРЕНЕСТИ страницы. Затем в меню выбираете Layout > Pages > Move Pages (или в углу панели Pages кликнуть мышкой, или в панели Pages кликнуть левой кнопкой мышки на миниатюре страницы) .

В появившемся диалоговом окне Move Pages вы увидите:

Move Pages - диапазон страниц для переноса;
Destination - назначение, а точнее место в документе, куда их поставить (до какой-то страницы, после, в начало или в конец документа) . Далее выбираете номер страницы.
Move to... -в какой из открытых документов вы хотите переместить выбранные страницы. Здесь выбираете либо Current Document (Текущий документ, который открыт в данный момент в окне) либо выбираете из списка тот, который вам нужен.

Если применить к вашему случаю всё, что я тут понаписал, то ваши настройки в окне должны быть такими (при активном файле, где у вас страницы с 51 по 100):

Move Pages - 51-100
Destination - тут либо ставите 50, либо выбираете At End of Document
Move to - выбираете файл, где у вас страницы с 1 по 50.
Жмакаете ОК.

Есть ещё окошко Delete pages After Moving, но его лучше не трогать без надобности, т. к. при его активности, вы удалите все выбранные страницы из текущего документа поле перемещения оных на новое место.

Ну вот как-то так. Ву а ля. ;-)

Ну и на последок. При переносе учтите, что в обоих документах у вас должны быть одни и те же стили и не напортачьте с мастер-страницами. В противном случае у вас будет головная боль, когда стили слетят (одинаковые названия, например, для стилей с разной гарнитурой) . Тоже самое может произойти и с мастер страницами (например, могут слететь или смешаются колонтитулы) . Я не знаю, какую вы преследуете цель, но я бы вам не советовал лишний раз соединять таким образом файлы. если вы собираетесь сдавать книгу в типографию в виде PDF, то проще сделать PDF, а потом соединить всё в один файл в Акробате. ;-)