можно выехать на крит с литовским шенгеном, или надо сначала обязательно в литву???

Можно, но:
1. В соответствии с Параграфом 5 Пограничного кодекса стран Шенгенской группы, если в ходе проверки документов при въезде в страну выяснится, что лицо, совершающее поездку, имеет визу, выданную другим государством Шенгенской зоны, но ещё не использовало её для посещения этого государства, то Погранслужба может проверить, действительно ли основная цель поездки находится в этом другом государстве (т. е. у Вас, например, имеют право потребовать предъявить билет, подтверждающий, что Вы с Крита летите прямиком в Литву) . Если это так, то трудностей не возникнет. Однако, если основная цель поездки находится не в стране, выдавшей визу, то лицу, совершающему поездку, могут отказать во въезде, а визу - аннулирвать. Это если смотреть на вопрос с точки зрения Закона. На практике же такие проверки довольно редки и носят выборочный характер. Однако, порядка 10000 россиян ежегодно в ходе таких проверок отправляются восвояси ближайшим же рейсом. Это не так много, учитывая, что за рубеж ежегодно выезжает более 14 миллионов наших соотечественников, но ничей положительный опыт не даст Вам 100% гарантии того, что у Вас всё пройдёт гладко. Нарушение закона - это всегда лотерея.
2. По визе, выданной литовским консульством, Вы обязаны провести в Литве больше дней, чем в любой другой стране, в противном случае при следующем запросе визы Вам имеют полное право в ней отказать.