Почему Петра называют Первым, а его отца так никто никогда не называл

Считать на Руси научились при Петре)

Из династии Романовых Петя был первый, за ним был второй, а за тем и третий

Потому , что потом был Пётр II, а Алексея II , не было. Собственно, и Петра во время царствования звали лишь Пётр Алексеевич. А номер появился лишь впоследствии.

потому что отца Петра 1 звали Алексей

Так ведь потом еще был и второй и третий. Как же их еще различать? А вот Алексей Михайлович, его папа - единственный и неповторимый.

Потому что его отца звали не Петром!!

Цифры после имени начинают ставить, когда в династии больше одного монарха с таким именем. Поэтому при самом Петре его звали просто . А вот когда появились Петр II (умер во младенчестве, хотя формально побывал монархом) и Петр III (племянник Петра Первого), то уж тут без номеров не обойтись. А поскольку сам Пётр всего-то четвёртый царь из династии Романовых, то до него цифры просто не требовались.

При правильности того, что написали Леонид и Иван Петров, дело, наверно, еще и в традиции. Сидевшие на русском царском троне Алексей, Борис, Анна, Елизавета и Василий - все без числительных, потому что вторых не было. Но Павел был тоже один, однако его всегда называют Павлом первым. А Федоров было два, но их как-то не принято называть первым и вторым - говорят: Федор Иоаннович и Федор Алексеевич.
Так что - как в том анекдоте: дети, понять это невозможно, это нужно выучить.