Дискинезия- это функциональные нарушения. Например, дискинезия желчных путей - это комплекс расстройств желчевыводящей системы, обусловленных нарушениями двигательной функции желчного пузыря и желчных протоков при отсутствии их органических изменений.
И отмазкой от армии скорее всего не станет. Нужно найти хорошего гастроэнтеролога и вылечиться.
Есть ссылка по поводу заболевания и его лечения
http://www.gastrosite.ru/patients/article.asp?id=592,но самолечением заниматься нельзя, обратитесь к специалисту.