как правильно выставлять экспозицию при применении фильтров ND?

По нулю.... а вообще камерный экспонометр все за тебя сделает. Только режим приоритета диафрагмы (для контроля ГРИП) или приоритета выдержки выбирай.

так же, как и без фильтров

Система ТТЛ замеряет экспозицию за последней линзой объектива. Можете навешивать на объектив что хотите. Хоть конвектор под объектив ставьте, хоть всё вместе. Экспозиция аппаратом будет высчитана правильно.