Есть ли разница, большая собака будет жить в квартире или маленькая? В плане гигиены?

Большая или маленькая - практически никакой разницы.
Я бы даже сказала, что с большой проще: большая собака воспринимает дом как будку и ведёт себя достаточно спокойно (всю энергию оставляет на улице) , а вот маленькие собаки дома склонны беситься: им места для разгона и в коридоре хватает. Ещё один минус маленьких собак: кобели мелких пород могут метить в доме (как коты) . Чтобы крупный кобель дома метил - это скорее нонсенс.
Что касается шерсти, то короткошёрстная или длинношёрстная собака - разницы нет. Есть разница в том, как шерсть будет украшать ваш дом: если вы заводите собаку гладкошёрстную и без подшёрстка (далматин, доберман, такса) , то шерсть будет сыпаться "иголочками" и втыкаться под нитки в ткани (очень неудобно чистить мебель и одежду) , если вы заводите собаку с длинной шерстью и подшёрстком (кеесхонд, хаски, шпиц) , то у вас на одежде оказывается пух, а на полу клубочки шерсти (длинная шерсть заметнее, но её легче чистить) . Если хотите, чтобы шерсти было мало, то надо заводить собаку жесткошёрстную (ризеншнауцер, эрдель, вест-хайленд-вайт-терьер) или собаку с волнистой шерстью (пудель) - у этих собак шерсть сама практически не выпадает, а стрижётся и триммингуется (выщипывается) .
Что касается гигиены, то я вообще проблем с собакой не вижу. Вовремя вычёсывать собаку, мыть по необходимости, протирать лапы после прогулки, делать прививки и обрабатывать от паразитов по графику, самому соблюдать гигиену (мыть руки) - всё. Ничего того, что в доме не делал бы ребёнок или взрослый человек, я от собаки не замечаю: у собаки шерсть сыпется - у человека волосы, собака пробежала грязными лапами - кто-то в обуви по квартире прошёлся или в тапочках на кровать залез, щенок написал - ребёнок обписался и т. д. Болячек, которые передаются от собаки человеку, очень мало, и те лечатся (бешенство, пожалуй, самое опасное, но и оно у человека лечится, а если собаке прививки ставить, то и она вряд ли заболеет, к тому же, бешенство встречается не так часто) . Паразитов поможет избежать своевременная обработка от них и профилактика. Да и не только от собаки этих паразитов подцепить можно: немытый фрукт или овощ, поручни в метро, общественные туалеты и т. д. От своей собаки меньше вероятности что-то подцепить, чем в автобусе.