Будет ли 3 сезон аниме "Ящик Медаки"?

Не будет.
После показа второго сезона Medaka Box прошло уже два года. Манга Medaka Box была завершена полтора года назад. Если бы хотели экранизировать ее до конца, то за прошедшее время уже бы это сделали.
Так что прочитайте мангу, если хотите знать, чем все закончилось.