Вопрос стоит о том, какие конкретно струны у тебя были металлические (по толщине) и какие ты поставил нейлоновые. Если железные толстые, а нейлон мягкий - играть будет невозможно!
Если комбинируешь струны, то нейлон нужен жесткий, а металл - тонкий, т. е. мягкий.
Хотя... может у тебя и правда все струны нейлоновые? 4-5-6 струны у нейлона тоже обвиты металлической канителью. Посмотри, что торчит внутри на кончиках? У металлических еще есть такие набалдашники на том конце, который крепится на подставке (то есть, на корпусе). Если их нет, то, скорее всего, струны все стоят нейлоновые.
Конечно, играть на нейлоне проще - особенно, начинающему - он мягче, чем металл.
Есть еще тонкость: нейлон нужно поднимать над грифом выше, чем металл - у него раскачка больше, соответственно, перейдя на нейлон, возможно, придется увеличивать высоту нижнего порожка (того, что у розетки). Или нужен очень жесткий нейлон (черный или вообще карбон).
В общем, тут много тонкостей.
А может все проще? У тебя просто "вылез" третий лад? Вклеили на заводе плохо или просто рассохлась гитара?
Попробуй поставить снова металлические струны и посмотри, уйдет ли проблема? Если нет - проблема в порожке.
А если хочешь все знать о гитаре и уметь играть классно, стоит посмотреть тут:
www.aguitar.ru