Какой материал для рюкзака лучше, нейлон, канвас или холст?

Смотря что вы хотите от рюкзака. У каждой ткани есть свои плюсы и минусы:
Нейлон, например гибкий, легкий. водоотталкивающий, но все же синтетика. Если хотите носить долго, то вся спина вспотеет. Или, как минимум, плечи.
Холст - это в первую очередь лен, а лен он везде лен. Огромный плюс в натуральности, но эта зараза так мнется, что ужас. Так что если портфель легкий и без каркаса, то ожидайте, что если его чем-то придавит, то вид у него будет не комильфо.
Если под канвасом вы подразумеваете брезент, то думаю он - самое то. Водоотталкивающий, прочный и натуральный, но цветовая гамма у него небольшая.