Могу ли я включить в отчет по НДС неоплаченную счет-фактуру.

с 2006 года НДС по отгрузке

Запомните раз и навсегда.... Независимо от Учетной Политики вашего предприятия сумма НДС рассчитывается только ПО ОТГРУЗКЕ! Это значит, что с оплатой начисление НДС не связано и, соответственно, неоплаченные счета-фактуры включаются в декларацию.

Да можете.