Если большую часть атома занимает пустота, почему предметы не проходят друг сквозь друга?

Да потому что нет никаких предметов. Неужели не ясно? Элементарно же все... Это ж обман все, морок... Объясненьице-то вот:
Хотя масса атома на 99,9% сосредоточена в крошечном ядре, пространство вокруг него не пусто, а занято электронами. Их масса ничтожна, но электрический заряд, определяющий взаимодействие атомов между собой, равен по величине заряду ядра. Квантовый принцип неопределенности Гейзенберга говорит, что элементарные частицы не точки, а, скорее, облака, размазанные в пространстве, причем тем сильнее, чем меньше их масса, поэтому электронные облака в тысячи раз больше атомных ядер. А благодаря так называемому принципу запрета Паули электронные облака двух разных атомов, как правило, не могут занимать одно и то же место в пространстве. Так, фундаментальные законы квантовой механики придают веществу «телесность»: принцип Гейзенберга определяет размеры атомов, а запрет Паули — их непроницаемость.
Для лопухов. Да только фуфлохрень это все...