Почему утилиты kcleaner и ccleaner долго чистят ноутбук? Очень долго сканируют и долго чистят

Потому что они сканируют и чистят много лишнего.
Некоторые утилиты вообще сканируют ВЕСЬ диск на файлы с определенными расширениями, что очень долго и неэффективно, да и потенциально опасно.
Если уметь искать мусор и чистить вручную, то будет гораздо быстрее.

А если все равно не будет - если сам процесс загрузить файлы из папки или удалить файл занимает много времени - то проблемы с железом, скорее всего - жесткий диск.