Если брать билеты за неделю в Москву,комиссия начисляется сверху?

Нет, снизу она начисляется. Вам-то какая разница - комиссия либо есть, либо её нет.

Начисляется. Чтобы не было комиссии билет надо брать раньше, чем за 10 дней до поездки. Причём билет надо брать на станции отправления.