Есть ли разница как импортировать файлы из камеры? Через флешку, или на прямую с проводом?

Разницы нет.

конкретно из Gopro 4BE - исключительно по USB фирменным софтом.

картридер купи

разница есть:
- есть картридеры USB3 - они по скорости раз 8 быстрее позволяют скачивать
- картридер позволит залить на флешку файлы, в отличии от шнурка в фотике, что полезно для обновления прошивки
- дефект шнура встречается значительно чаще, и битые JPG через шнур тоже
- И самое главное, при использовании картридера нет необходимости сажать акумулятор фотика на перекачивание файлов. А когда вы пришли после съемки и аккум севший то вам придется ждать пока зарядится аккум, чтобы включить фотик и скачать фотки, с картридером вы справитесь намного БЫСТРЕЕ.

Просто импортировать - без разницы.
А вот импортировать в прогу GoPro Studio - только кабелем с камеры. Иначе эта программа не опознаёт файлы как "свои", и работать с ними отказывается.

Если оборудование исправно, то разницы нет, за исключением возможной разницы в скорости (в зависимости от того, что окажется узким местом).

по удобству и скорости конечно есть!

ИМХО, безразлично.
Кто думает, что кардридер - примитивное устройство и гарантия беспроблемного переноса файлов с ФА на комп, тот не учитывает сложной схемы кардридера и вероятность его выхода из строя, как и любой другой электронной схемы.
Вот пример (см. снимок). Ничуть не надёжнее участка слот карты памяти - выход USB ФА - шнур USB7
.