Лицензия мед. организации выдана Самарским минздравом, но сама организация находится в Москве?

думаю да, лишь бы оформлена была верно и соответствовала санпинам России.
сейчас же система госзакупок, кто дешевле предложил, тот услугу и оказал, хоть с Владивостока))
по крайней мере в отношении услуг СЭС и аккредитации рабочих мест именно так - лишь бы соответствовало законодательству России.

Ходите в чисто самарские клиники. И у вас не будет подобных вопросов