Зачтут ли проблему в сочинении ЕГЭ, если Она действительно есть в тексте, но в ключах у проверяющих нет?

Да, если данная проблема прослеживается в тексте. А проверяющих лучше не особо слушать. Я писала экзамен по математике и проверяющий бегал показывал ответы на первые 9 заданий. При решении оказалось, что те ответы, которые они дали были не верны. А вот человек из моего класса, списал эти ответы и получил 2.

Могут зачесть. Эксперты могут посовещаться и принять вашу проблему. Однако в критериях указываются обычно 3 наиболее значимые проблемы, и не очень хорошо, что вы не заметили их.