Сделал регистрация на внутренний паспорт гражданина Таджикистана, будут ли какие то последствия? какие? Срочно!!

Здравствуйте, у меня очень трудная ситуация
Я гражданин Таджикистана, в настоящем студент Московского ВУЗА
Я въехал в РФ 27 августа 2016 по ЗАГРАНИЧНОМУ паспорту, в миг карте отметил учеба.
Поступил в университет и пошел делать регистрацию в ВУЗЕ и тут все началось...
У граждан Таджикистана 2 паспорта:
Внутренний. Пластмассовый прямоугольный паспорт гражданина Таджикистана
Заграничный. Обычный бумажный
Когда я ходил делать регистрацию, я не знал что моим основным документом в РФ будет ЗАГРАНИЧНЫЙ, а внутренний будет вообще не нужен
Я думал что регистрация надо делать на внутренний паспорт (прямоугольный пластиковый), поэтому в ВУЗЕ я заполнил бланк по внутреннему паспорту. Сделали мне регистрация до 15 августа 2017 (сегодня)
Вчера я пришел продлевать регистрацию, я очень переживал и думаю у меня проблемы с миграционным учетом. Вчера когда я приходил продлевать регистрация, сотрудник университета сам взял мой ЗАГРАНИЧНЫЙ паспорт и сказал заполнять бланк исходя из ЗАГРАНИЧНОГО паспорта. Я побоялся ему говорить что до этого я делал регистрацию на внутренний паспорт.
В итоге я заполнил документы и ушел.
Сказали приходить на след день за регистрацией (сегодня)
у меня вопрос, сделают ли мне регистрацию? нарушил ли я что то? какие будут последствия?