Оплачивается ли день работы, если официально трудоустроен при условии посещения военкомата?

По закону вроде да.

Статья 170. Гарантии и компенсации работникам, привлекаемым к исполнению государственных или общественных обязанностей

 
Работодатель обязан освобождать работника от работы с сохранением за ним места работы (должности) на время исполнения им государственных или общественных обязанностей в случаях, если в соответствии с настоящим Кодексом и иными федеральными законами эти обязанности должны исполняться в рабочее время.

Государственный орган или общественное объединение, которые привлекли работника к исполнению государственных или общественных обязанностей, в случаях, предусмотренных частью первой настоящей статьи, выплачивают работнику за время исполнения этих обязанностей компенсацию в размере, определенном настоящим Кодексом, другими федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации либо решением соответствующего общественного объединения.

Обязательно оплатят. Вы же не по своей воле прогуляли.

Ну а теперь смотрим в тот ФЕДЕРАЛЬНЫЙ Закон, которым как раз и руководствуются в решении данного вопроса:
п. 1 ст. 6 ЗВОВС
*************************************************
1. Граждане на время медицинского освидетельствования, медицинского обследования или лечения для решения вопросов о постановке их на воинский учет, об обязательной подготовке к военной службе, о призыве или добровольном поступлении на военную службу, поступлении в мобилизационный людской резерв, призыве на военные сборы, а также на время исполнения ими других обязанностей, связанных с воинским учетом, обязательной подготовкой к военной службе, призывом или добровольным поступлением на военную службу, поступлением в мобилизационный людской резерв и призывом на военные сборы, освобождаются от работы или учебы с сохранением за ними места постоянной работы или учебы и выплатой среднего заработка или стипендии по месту постоянной работы или учебы, им возмещаются расходы, связанные с наймом (поднаймом) жилья и оплатой проезда от места жительства (работы, учебы) и обратно, а также командировочные расходы.
*************************************************

Только не забудь уведомить своего работодателя о своем отсутствии на рабочем месте в этот день. А отсутствовать ты имеешь право только в тех границах времени, которые будут обозначены военкоматом на обратной стороне повестки.

А порядок расчета с гражданами и организациями установлен Правительством: http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&base=LAW&n=211196&rnd=285391.193468510&dst=100012&fld=134