Программа After Effects почему выдает ошибку когда файл ави загружаешь? Она работает только с МП4 что ли?

Да со всем она работает. По моему больше всего любит mov.

AVI - это контейнер, внутри него могут быть самые разные кодеки. Значит Афтер не распознает конкретно этот кодек.

Смотри, чем сжато. Кодек какой? ,,Некоторые расширения файлов, такие как MOV, AVI, MXF, FLV и F4V, обозначают контейнер-форматы, а не отдельные форматы аудио, видео или изображений. Контейнер-файлы могут содержать данные, закодированные при помощи различных схем сжатия и кодирования. After Effects может импортировать такие контейнер-файлы, но возможность импорта данных, которые в них содержатся, зависит от установленных кодеков (а конкретно, декодеров). https://helpx.adobe.com/ru/after-effects/using/importing-interpreting-footage-items.html