Обязан ли ученик, получивший справку ВКК, присутствовать на уроке физкультуры?

Обязан.
Школьник должен освоить эту дисциплину. Справка, выданная медицинской комиссией, служит основанием для освобождения от физических нагрузок, но не от освоения дисциплины. Поэтому школьник присутствует на занятиях и выполняет иные задания, исключая физические нагрузки, по указанию учителя. Кроме того, образовательная организация в соответствии с ч. 7 ст. 28 ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» несет ответственность за жизнь и здоровье обучающихся. Таким образом, в случае если по расписанию в школе урок физкультуры, то оставить без присмотра школьника нельзя.