Подскажите пожалуйста, снимки в формате RAW с камеры Nikon в какой программе лучше обрабатывать? Вы с какой работаете?

Юзай пока ширпотреб, - либо Lightroom ( Camera RAW ) либо родную утилиту Nikon
Nikon Capture NX2

Выбор софта - личное дело каждого: одному нравится, а другой нос воротит. Самые популярные уже перечислены в первом ответе.

Nikon Capture NX-D родная и бесплатная, 100% адекватно работающая с NEF

С натуральными цветами Nikon Capture NX-D. С красивыми натуральными цветами Capture One Pro 11. Я в основном работаю на последней, потому что возможностей больше в разы. Но у неё есть и недостатки перед родной - хроматические аберрации убирает хуже. При работе в ней нужно правильно подобрать цветовой профиль камеры ICC. Родная Nikon Capture NX-D мне не нравится больше всего из-за "тормознутости". Не всегда получается расширить динамический диапазон, так как это может сделать Capture One. Зачастую дольше приходится делать "цвета"

Мне хватает adobe camera raw в составе CS5, а с цветом мне нравится работать кривыми в фотошоп.

Лучше в той, которая Вам лучше. А в какой я работаю знать бессмысленно.

Я к Лайтруму привык

Волшебная сила привычки. Лучше всего та которая идет на диске с камерой. Как правило они мало функциональны. Самые популярные лайт рум или камера рав+ адоб бридж.