Иностранец переплатил патент, что делать?

Радоваться.

Увы, ничего.
В соответствии со статьей 227.1 Налогового кодекса превышение уплаченной суммы патента над тем, что было нужно уплатить исходя из периода его действия, не считается переплатой и возврату не подлежит