можно ли наказать работника за опоздание спустя несколько дней опираясь на данные электронной системы учета

не запрещено. только для чего наказывать, мож причины были

Работа встала - во время его отсутствия?
У работника мастер, бригадир должен быть. Он следит за коллективом.
А электроника и "ошибиться" могла.

Нельзя. СКУД ...