Имеет ли значение в какую сторону мотать первичную обмотку и вторичную при создании трансформатора?

Да

имеет, но ведь всегда можно поменять концы подключения обмоток. ;-)

нет. при необходимости фазу можно легко сменить

Имеет, мотай в одну сторону

Если несколько вторичек и они между собой не соединены, то не важно. И даже если соединены - мотай куда хошь только запоминай начало и конец ориентируясь не на начало наматывания, а на направление.

Даже на трёхфазном не имеет значения.
Всегда можно перекинуть провода.

Если хотите получить "умный" ответ...нужно обязательно рассказать...а какой...трансформатор?
Трансформатор, трансформатору -рознь. Насколько я помню из школьных лекций по физике...
Направление, которое вторичная обмотка имеют относительно первичной обмотки, не имеет значения для силовых трансформаторов переменного тока, но в других приложениях, таких как колонки громкоговорителей с трансформаторным питанием, это будет иметь огромное значение на низких частотах, если у одного трансформатора, либо его обмотки, будет фаза, противоположная фазе другого.
И конечно же... вы хорошо знаете какое огромное значение имеет разбалансировка фаз при параллельном, либо последовательном подключении нескольких громкоговорителей в одну систему...
Помните...опыт с батарейкой...
Это... если на динамиках нет обозначений + и -