Как узнать, не нарушая работы программы, к каким системным библиотекам и ресурсам системы она обращается в ходе работы?

в линуксе куча способов в зависимости от того, что имеется в виду под "ресурсами системы" и какого уровня данные требуются
ldd, strace, fuser, lsof, руками посмотреть в /proc/<pid>/...