Почему правильно говорить Are you afraid of …, а не Do you afraid of…?Если это постоянное, то почему не Pr. Simple?

Do you, это действие, т.е. такая форма используется когда речь идёт о действии.

afraid, это не действие, а состояние

Afraid - испуганный, а не бояться
Соответственно правильно использовать с to be: are afraid of darkness
Есть глагол fear, который как раз и переводится "бояться", вот его используют с do при построении вопросов и отрицаний.

That because the word "afraid" is an adjective.

Потому что afraid - это прилагательное. Для того, чтобы оно выступало в качестве сказуемого, к нему нужно добавить глагол to be. После этого спрягаться будет сам глагол to be, соответственно форма будет are you.....