Почему некоторые ФКЗ имеют одинаковый номер?

Нумерация каждый раз идет с начала года
Что у ФКЗ, что у ФЗ

Потому, что Федеральный конституционный закон от 19 июня 2004 года № 4-ФКЗ "О внесении изменений в Федеральный конституционный закон "О Правительстве Российской Федерации"
и Федеральный конституционный закон от 1 июня 2005 года № 4-ФКЗ "О внесении изменения в статью 7 Федерального конституционного закона "О Правительстве Российской Федерации",
а также Федеральный конституционный закон от 22 июля 2010 года № 4-ФКЗ "О внесении изменения в статью 36 Федерального конституционного закона "О Правительстве Российской Федерации",
Федеральный конституционный закон от 3 декабря 2012 года № 4-ФКЗ "О внесении изменений в статью 10 Федерального конституционного закона "О Правительстве Российской Федерации".

Обратите внимание на то, что дата принятия закона ВСЕГДА стоит перед номером закона.