О неплохой вопрос, интересный. Конечно многие квесты в Fallout 3 иногда доходят до абсурда, а иногда и вовсе с очевидным разделением на "бобра" и "осла". Но все же я попробую выделить наиболее интересные квесты, ну или около того (на самом деле раздражающие квесты назвать было бы полегче):

!) Китайский шпион (DLC Point Lockout) не скажу что это прям "шедевр мысли" разрабов, но исследовать данный вопрос мне показалось довольно интересно. Этот квест меня заинтересовал тем, что игрока не так чтобы постоянно ввели за руку, кое-что и самому необходимо обмозговывать.
!) Возвращение в Убежище 101. По входящему сообщению Амата (подружка гг) отправляет сообщение о помощи игроку, с целью вернуть его для того, чтобы образумить смотрителя. За что мне нравиться этот квест? За предоставленную возможность свершить месть и наказание, нет не смотрителю, а всем кто застрял в этом убежище.
Не думай, я в действительности хороший парень (например в Dragon Age Origin, от некоторых своих решений у меня "сердце кровью обливалось"), просто меня неимоверно бесит сюжет, всепоглощающие добро и безыдейное зло. Вообщем я устал от БРЕДА, и устал от того, что имбецил папаша пытается очистить воду для четверых бомжей требующие исключительно чистой воды.
!) Здесь скорее будет не конкретный квест, а постоянная работа. Гильдия работорговцев, чтоб ты знал, я никогда бы не стал одним из них (в Fallout 2 я пушками подкрепил свое решение). А тут, ну у них уютно и они мне платят. А если бы Bethesda не поленилась и добавила бы с ними больше интерактива, я был бы весьма благодарен. А так пара квестов на сбежавших (или ничего не знающих о рабской доле) рабов
Ну и все, я полагаю, ибо действительно стоящих квестов (как в том же Fallout New Vegas) мне обнаружить не удалось.