Где он только не бывал

Если имеется в виду, что он бывал везде и это усиливающая частица, но будет частица НИ - где я только ни бывал.
Если в переносном значении, что нигде не бывал, то это неграмотная конструкция, здесь правильнее сказать, что я нигде не бывал. Иногда употребляется в шутку.