Механик предприятия (или любой другой представитель) по доверенности предприятия в гибдд по заявлению снимет с регистрации по утрате ТС, можно снять и по утилизации, если имеется справка с металлоприемки об утилизации. Документы не обязательны, в мрэо есть данные какой транспорт числится за данным ООО.