Как визуально разделить __ в python?

Начать с отключения лигатур - если в VSC можно управлять их включением / отключением. А вот если не помогло, тогда:

Подобрать шрифт, в котором подчёркивания не сливаются в одну линию.

Увеличить горизонтальный интервал между символами в настройках VSC (если такая настройка у него есть).

Самому взять любой редактор шрифта и откорректировать символ подчёркивания в любимом шрифте.