А не ищи логики в этих наивных сказочках. Они сочинялись людьми, которые еще не до конца произошли от обезьян, и поэтому не слишком хорошо умели мыслить. Вот у них и получилось нагромождение абсурдов.
Откуда взялась вода - там не говорится вообще. Бог только отделил ту воду, что над куполом, от той, что под ним. А откуда она взялась - никто не знает.