Можно ли вместо батареек 3 в установить 18650 3,7 в на газовую колонку

Да, конечно...

Можно если + и - не перепутаешь

не имеешь права лезть в колонку.

только через BMS

Неизвестно как электроника колонки отреагирует на повышенное напряжение питания, так как на заряженном литий-йоне напряжение 4.2 вольта, что сильно превышает напряжение 2-х последовательно включенных батареек. Если у вас три батарейки, то можно, но только один аккумулятор.