Два гражданства и пересечения границы РФ

Напрямую выехать - нет.
Для пересечения границы РФ нужен будет российский загранпаспорт.

Можно въехать в одну из стран, куда въезд по внутреннему паспорту разрешен, список в интернете: Казахстан, Армения...и оттуда уехать по иорданскому дальше.

Но там надо смотреть, как дальше с визами для пересадок дела обстоят, сомневаюсь, что есть оттуда прямые рейсы и как это по деньгам будет...может проще оформить российский загран...

Из России выезжаете по российскому загранпаспорту, в Иорданию въезжаете по местному...
Гражданин России может выезжать/въезжать в/из Россию только по российскому загранпаспорту (исключение - несколько стран, куда по внутреннему)...

где паспорт купил

Граждане РФ могут пересекать границу РФ только по паспорту гражданина РФ.
Делай российский загран - и никаких проблем не будет.