Когда я спрашиваю человека , ты что с ними, а он говорит я над ними? Это что означает над ними в данном случае?

Это значит, что он их использует в каких-то целях.
Либо - он сам по себе, но в данный момент с этими людьми ему приходится взаимодействовать