Зачем вставлять заднюю металлическую заглушку портов материнской платы?

от пыли

Для эстетики и чтобы пыль не попадала. Не хочешь - не вставляй.

Чтобы грязь не летела внутрь

чтоб не бултыхалась мамка, ты чо совсем отбитый

чтобы при подключении случайно слот несломать.

Чтобы не попадала грязь. Плсом комп так банально чуть красивше выглядит.
Если не поставишь, то ничего страшного не произойдёт