Может ли Путин снять с должности главы Чечни Р. Кадырова? Знаю что губернаторов регионов может снять. А глав Республик?

Он может все! У Путина сейчас царские полномочия после изменения Конституции в последние годы по увеличению полномочий президента РФ.
Отстранение президентом РФ от должности глав регионов России предусмотрено статьёй 28 Федерального закона от 21.12.2021 N 414-ФЗ «Об общих принципах организации публичной власти в субъектах Российской Федерации».
Некоторые основания для отстранения:

• утрата доверия президента; 
• выражение недоверия законодательным органом субъекта РФ; 
• неисполнение решения Конституционного Суда РФ, принятого в отношении нормативного правового акта главы региона; если в течение месяца со дня вынесения президентом предупреждения глава региона не принял мер по устранению причин, послуживших основанием для предупреждения. И т.д.