Подскажите,как добраться поездом от Вологды до Ейска?Только через Москву? Только через Москву?

Нет, Москву лучше объехать. Дело в том, что в Ейск ходит только один летний поезд. Зимой нет ничего.
Большинство желающих добраться до Ейска пересаживаются в районе Ростова.
Летом вам можно уехать на п. 442 Череповец - Адлер или 444 Череповец Анапа до Староминской, а там останется меньше 70 км на автобусе.
Зимой №321 Архангельск - Адлер довезет до Ростова, а оттуда около 150 км
Учитывая толкотню в Москве я предпочел бы пересадку поближе к морю