Лучшие серии секретных материалов на ваш взгляд?

учесть что в нем 201 серия, то трудно сказать какие именно лучшие, проще уж по сезонам

Мне лично "Битва за будущее" понравилась. Это из полнометражных.
Из сериала - трудно сказать. Много неплохих, много и скучных.

Мне больше нравится 6 серия 6-го сезона "Как призраки украли Рождество".
Последний канун Рождества. Рассказывая старую историю о несчастных влюбленных, которые заключили договор быть вместе вечно, Малдер увлекает Скалли в темный особняк, в котором предположительно обитает пара привидений. Они входят внутрь, и передняя дверь захлопывается за ними, поймав в ловушку. Малдер убежден, что это работа привидений, которые живут в доме. Скалли, как всегда скептичная, обьясняет Малдеру, что психологически люди нуждаются в вере в жизнь после смерти, поскольку это успокаивает их страх перед смертью. Но когда дверь, перед этим захлопнувшаяся, внезапно открывается и свет, исходящий оттуда, заливает все вокруг, Малдер приписывает это привидениям. Скалли признает, что испугалась, но считает, что это иррациональный страх. Она все еще полагает, что, возможно, это действуют люди, живущие в доме. Проходя через двери, партнеры оказываются в библиотеке. Проходя сквозь серию странных искажений и изменений, они попадают каждый в свою библиотеку в параллельной вселенной. Здесь Малдер встречает дух Мориса, который советует ему убить Скалли. Скалли же в своей параллельной библиотеке встречает призрак Лиды, она убеждает Скалли застрелить Малдера. Когда двое агентов встречаются снова, они следуют коварному плану привидений и стреляют друг в друга. Затем герои оказываются лежащими на лестнице, тяжело дыша, и понимают, что это был только некий обман сознания, шутка, сыгранная с ними привидениями.