Может ли собственник квартиры выписать человека без его ведома из этой квартиры, он не родственник и не собственник?

Только по решению суда !!!

Статья 7. Снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту жительства

Снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту жительства производится органом регистрационного учета в следующих случаях:
изменение места жительства - на основании заявления гражданина в письменной форме или в форме электронного документа о регистрации по новому месту жительства;

призыв на военную службу - на основании сообщения военного комиссариата;

осуждение к лишению свободы или принудительным работам - на основании вступившего в законную силу приговора суда;

признание безвестно отсутствующим - на основании вступившего в законную силу решения суда;

смерть или объявление решением суда умершим - на основании свидетельства о смерти, оформленного в установленном законодательством порядке;

выселение из занимаемого жилого помещения или признание утратившим право пользования жилым помещением - на основании вступившего в законную силу решения суда;

обнаружение не соответствующих действительности сведений или документов, послуживших основанием для регистрации, или неправомерные действия должностных лиц при решении вопроса о регистрации - на основании вступившего в законную силу решения суда;

выявление факта фиктивной регистрации гражданина Российской Федерации по месту жительства - на основании решения органа регистрационного учета, принятого в порядке, установленном федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным на осуществление функций по контролю и надзору в сфере миграции.

При отсутствии добровольности со стороны сожительницы сняться с рег. учёта обращайтесь в суд с иском о признании её утратившей право пользования квартирой !

только по решению суда

У вас инцест? При общем согласии, суд не нужен.