продала авто по ген. доверенности, новый владелец не снял с учета и поменял движок, есть ли проблемы при снятии с учета

Сейчас не снимают авто с учёта. Просто перерегистрирую на нового владельца.

по доверке продать машину невозможно
с учёта теперь машину снять невозможно (за исключением утилизации и продажи за бугор)
номер мотора теперь не проверяют, только модель

Ты не продала, а доверила. А если он поменял движок на другую модель, то эта машина на учет не встанет

На движок давно уже не смотрят при сверке, не беспокойся. Уладь все юридически, а это не проблема.

не продала, а доверилась хрен знает кому, и за это может наступить тяжелая расплата, если что случись, вплоть до уголовщины

ты не продала, а дала покататься. Машина - твоя, налоги - с тебя, штрафы с камер - тоже.