В каких случаях корпоративный договор может противоречить учредительным документам?

Методом правового анализа.
Изучаем нормы ст. 67.2 ГК РФ
Основные случаи, это:
Корпоративный договор не может обязывать его участников голосовать в соответствии с указаниями органов общества, определять структуру органов общества и их компетенцию.
Условия корпоративного договора, противоречащие этим правилам, ничтожны.