куда девается космический корабль после того, как его покинули космонавты

Казахи на цвет-мет сдают.

В зависимости от того, где был корабль. Если на орбите Земли, то может остаться на ней. Если на Луне, то на Луне. :)

Сгорает в атмосфере.

К примеру, корабль "Союз", разделяется на 3 части -- спускаемый аппарат (СА), бытовой отсек, и двигательный отсек. СА с космонавтами входит в атмосферу и приземляется на парашюте. У него есть жаростойкое покрытие. Остальные блоки тоже входят в атмосферу, разрушаются и горят. Не сгоревшие части падают в безлюдной местности.
Спускаемые аппараты складируют в РКК Энергия, а потом продают меценатам. Или музеям.

Часть сгорает в атмосфере, часть падает на землю или в море.

Если это аппарат для дальнего космоса и возвращение на землю не предусмотрено, то вариантов два: остается на другой планете (на Луне, на Марсе и т. п.) или превращается в искусственный спутник Солнца или иного крупного космического тела. Если это - аппарат для ближнего космоса (орбитальный), то часть (спускаемый аппарат) возвращается на Землю, а остальное входит в атмосферу, частично сгорает, честично в виде обломков падает в океан или в безлюдной местности

с низкой орбиты все само падает, если перестать поднимать время от времени двигателями.

вот "Мир" специально топили, чтобы кому-то на голову не упал. отсеки Союза - и сами догорят, да их и притормозить можно есть же двигатели.