Добрый день!
Да, действительно с 1 января 2017 года в Налоговом Кодексе РФ стали действовать новые нормы, согласно которым у партнеров Uber появилась обязанность платить НДС и сдавать декларации по НДС.
Никакого противоречия с применяемой Вами УСН нет, т. к. в НДС вы будете платить не как налогоплательщик, а как налоговый агент. Налогоплательщиком по НДС будет сам Убер. Однако, Uber не стоит на учете в российской ИФНС и у налоговиков нет на такого налогоплательщика рычагов воздействия. Поэтому обязанность удерживать и уплачивать налог возложена на его контрагентов. В данном случае на Вас - партнеров Убера.
Помимо уплаты самого налога необходимо ежеквартально подавать декларации по НДС в свою инспекцию. Декларация по НДС должна подаваться только в электронном виде через специального оператора связи, на бумаге - нельзя.
Игнорировать новые правила очень чревато: при обнаружении налоговиками Вам придется оплачивать штрафы и пени, а самое неприятное - Вашему ИП могут заблокировать расчетный счет.
Обращаем Ваше внимание, что в компании "Мои финансы" действуют специальные условия бухгалтерского обслуживания для партнеров Uber:
http://www.my-buh.ru/spravka/stati/nalogi-partnerov-uber.html Все вопросы по расчету налогов, подключению к спецоператору связи, сдаче деклараций НДС, а также налоговые консультации - все включено.