Как отключить питание usb портов на выключенном ПК?

зачем их отключать

Из розетки вынь.
Или на БП жмакни OFF

в биосе ищи.

На материнской плате ищите так называемый джампер (перемычка). Я думаю найдёте если внимательно осмотрите материнскую плату при хорошем освещении. Они подписаны, вам следует искать 5V. Найдете, переставьте в другое положение (их обычно 2 положения) и будет сниматься питание с USB при выключении.