смогу ли я получить летнею стипендию в сентябре (за июнь и июль в частности) если её выдавали в определенные числа

Надеюсь, ты не на филологическом учиться...

ДА

Я бы тебе не дал за "летнею"

надо пойти в бухгалтерию универа (где-то в управленческом здании-ректорском), написать заявление о повторном начислении, так как ты не получал в связи с отъездом, например

Да, конечно.